Googleデータポータル(データスタジオ)でサーチコンソールをデータソースにしてレポートを作りたいと思ったのですが、データソースの選択画面で、「サイトのインプレッション」と「URLのインプレッション」の2つの選択肢が出てきました。

これはどちらを選択すればいいの?と自分と同じように疑問を思った方に向けて、両者の違いを書いていこうと思います。
サイトのインプレッション

サイトのインプレッションでは、URLのインプレッションと異なり
・Site CTR(サイトのCTR) ※CTR = Click Through Rate:サイトがクリックされた割合(インプレッション数/クリック数)
・Average Position(サイトの平均掲載順位)
といった指標を使うことができます。
ですから、クエリごとの平均掲載順位の表を作りたい、なんていう場合はサイトのインプレッションをデータソースに選ぶとよいです。
URLのインプレッション

一方で、URLのインプレッションでは、サイトのインプレッションと異なり
・Landing Page(入口ページ)
・URL Clicks
・URL CTR
といったURLに着目したディメンション、指標が使える点が特徴です。
ですから、グーグルで検索されたキーワードとページとの関連性を見せるような表、例えばクエリにランディングページをクロスさせたものをディメンションに、インプレッション数やクリック数を指標でみる、なんてものを作りたい場合はこのURLのインプレッションをデータソースに選択する必要があります。
※もし、サイトのインプレッションのデータも、URLのインプレッションのデータも両方一つの表に表示させたい、なんて時には、両方のデータソースを取り込んだうえで、「データの統合」から行うことができますよ。
おわり